Après la mort de son mari en 1914, Marguerite, jeune institutrice, part passer l'été à Saint-Jean-la-Vêtre dans le Haut-Forez. Elle y épouse en secondes noces le cousin Désiré, un paysan rustre et orphelin, profondément attaché à sa terre.
La suite de La ferme aux loups montre le départ de Marguerite après la mort accidentelle de Désiré. Elle laisse Félix, l'enfant naturel de celui-ci et de leur servante Rose, à une nourrice, et devient préceptrice à Lyon. Leurs histoires vont se croiser et se rejoindre, avec en toile de fond la Seconde Guerre mondiale, la Résistance, les interrogations du garçon sur sa naissance.